さて、ここからは物語のストーリーに関わる考察をしていきます。
まず、作中に登場する人物、物などについてざっとおさらい。

・少年

今作のプレイヤー（主人公）である少年。
この少年が大人になり、過去を回想している状態でゲームが進行するため、語り手やヒントを与える天の声としても登場している。作中では名前は明かされない。
村で、大勢の子どもたちが雑魚寝している部屋にいたところを一羽の大鷲（トリコ）に飲み込まれ大鷲の巣へと連れ去られる。

・トリコ（行動を共にする大鷲）

少年を大鷲の巣と呼ばれる場所へ連れ帰る途中に雷にうたれ、角と翼を負傷する。
少年が手に入れた鏡（後述）が発する光に反応し、尾の先から雷撃を発することができる。
目玉模様のガラスを怖がる。

・仮面の大鷲

作中で、何度か少年とトリコを攻撃してくる大鷲。
乱闘したことで角が折れる。
トリコと同じく、コア崩壊後に他の大鷲が落鳥していく中でも意識を失うこと無く塔を登っていた。

・大鷲

複数個体が存在する。
人喰いと呼ばれてはいるが直接人を食べることは無い。
実際はどこかから攫ってきた子どもを飲み込んで緑色の皮膜に包み、白い塔の最上部にある口を開けた鳥のオブジェへと吐き出していた。
仮面と鎧をつけられており、塔の発する電波により意思をコントロールされている。

・ヨロイ

遺跡内に現れる中身の無い鎧。
謎の文字のようなものを発し少年を追いかけ、捕まえて扉の先へ連れ去ろうとする。
トリコを見つけると槍を投げ攻撃してくる。
中にはトリコの怖がる目玉模様の盾を装備している者もいる。
鏡の光に当たるとぐにゃりと膝を折り、一時的に動かなくなる。
首の無い鎧に頭を近づけると、勝手に首が吸い寄せられ合体し動き出す。
首が取れてしまったりトリコに破壊されると動かなくなる。

・コア

白い塔を司っていたの謎の球体。
繭のような白い大きな球状の部屋の中央に置かれ、その上には大鷲への電波を送るアンテナへと伸びる装置が設置されている。
コアは周囲をゲル（少年曰く『巨大な闇』）で覆われているが、鏡の光を当て続けるとゲル状の物質は徐々に小さくなっていく。
鎧が発する文字と同じような文字を飛ばしてくる。
トリコの尾の雷撃により破壊されると、塔の表面は剥がれて電波の送信も停止した。

・鏡

少年が物語冒頭で『柩』のある部屋から持ち出した。
黒い金属でできているように見え、表面には大鷲を模したモチーフの彫り込みがある。
少年曰く、見たことのない物質でできており、大切なもののように感じ持って行くことにした。
トリコの尾から出る雷撃を誘導したり、ヨロイに当てると一時的に動かなくできる。

・樽

トリコおよび大鷲の主食。作中ではこれしか食べない。
中に青白く発光する液体が詰められているように見える。
この樽の周りには常に青い蝶が群れている。

・臭気を発するツボ

樽に入っている物に似た、発光する謎の物質が湛えられているツボ。
この臭いにトリコは夢中になり、発見するとその場から動かなくなる。



重要そうな登場物はこれくらいでしょうかね。
あとは、建物としては大鷲の巣と呼ばれる大きな谷の中には大きくわけて２つの建造物が登場しています。
石造りで崩壊の進む『遺跡』と、一切の継ぎ目がなく、素材も何かは不明で全く崩壊もしていない白い塔です。
草木が生い茂り水場も多く、トカゲが歩き回り白い鳥たちの舞う遺跡とは一線を画す異質な存在です。
このことからも、あの谷には２つの異なる文明が存在していたと考えられます。




ぼちぼち、気になることから個人的な考察を書きます。

まずタイトルにある人喰いの大鷲についてですが、作中で実際に人を食べていたわけではないことが明らかになります。
人喰いという名称は、あの谷に何があるか知らない村人による呼び方だということですね。
そう考えると、トリコという名前も村人目線で考えると『捕り子』といったところでしょうか。
あとはあの装置による洗脳で谷に縛り付けられている大鷲たちが『虜』である、『鳥と猫』あたりがかかっているネーミングでしょうね。
ま、この辺は発売直後から言われていたことなので今更感がすごいですが…。

樽の中身に関して、鳥のオブジェの口へ子どもを吐き入れると樽が飛び出すことから樽＝人が詰めてある、それを食べるので『人喰い』という考えがありますが、私は少なくとも直接的に人が入れてあるわけではないと思います。
それに一度飲み込んでいるのに、樽に詰めなければ食べられないというのはどうも二度手間な気が…。
装置の電波により混乱したトリコに何度か飲み込まれますが、それによって消化されているわけではありませんし、あくまでも樽は大鷲たちの餌（ご褒美？）であると考えます。
ただ、何らか形状を変えただけで原料が人であるという可能性は捨てきれ無い気がします。
トリコから吐き出された後、少年の全身には謎の文様が刻まれます。
ヨロイに捕まったりすることで、少年の体の模様があの液体と同じように青白く光ることがあります。
ゲームオーバー、つまりあの光る扉の先へ連れて行かれると汚染が進み模様が全身を埋め尽くし例の液体へ変化する、というようなことは考えられなくもありません。

白い塔のエレベーター下（天井を開けるためにヨロイと戦うドーナツ状の回廊）では、まるで光る窓から生み出されたかのようにヨロイの頭だけが設置され、いくつかの空の体が置いてあります。
そして、頭を近づけ体とドッキングするとヨロイは動き出します。
このことから、体はただの空洞の鎧で、頭には何らかの意思あるものが入っていると推察できます。
個人的には、連れてこられた子どもの魂と肉体を分離し、魂はヨロイの頭に入れることで兵士として利用し、肉体はあの液体に変化させエネルギーとして利用していたのではないかと思います。

ヨロイや大鷲がロボットや完全なる人工物という考えもありますが、どうもそうは思えないんですよね。
というのも、作中で『血』の表現があるのがヨロイと大鷲だけなんですよ。
大鷲は言わずもがな、トリコは槍が刺さるとそこから出血します。
そして、ヨロイも少年が頭を引っこ抜いた際にモワッと赤い霧のようなものを出します。
青白い灰色と暗い遺跡内部、あるいは草木の緑と空ばかりの景色の中で『赤』という生き物を彷彿とさせる色が使われているのはそのふたつだけです。（気づいてないだけだったらすみません）
あえてその２カ所にだけ赤色を使用したのは、どちらも生きているものであることの表現だと思うのです。
ヨロイは頭を持たれると体をバタつかせ、まるで苦しんでいるようで、プレイヤーはその動きに少し同情し不快感を持つでしょう。
それによく観察すると、ヨロイもなかなかコミカルな動きをしているんですよね。
少年がぶつかったらおっとっととバランスを取り、手を伸ばして走ってくる様はまるで待て待てー！と鬼ごっこをする子どものようです。

ヨロイの頭に大鷲と同じように角があるのも注目すべき点だと思います。
つまり、大鷲があの角で怪電波を受信して洗脳されているように、ヨロイの頭に入れられた魂が角から電波を受信することで支配されているという可能性はないでしょうか。

明確に示されるヒントが少なく憶測の域をでないのでほぼ妄想ですが、ここではこのくらいにしておきます。